Novou variantu B.1.640 vědci poprvé detekovali v průběhu září 2021 v africké Demokratické Republice Kongo. Od té doby ji odhalili i v dalších státech (přes 300 zaznamenaných případů, 74 % hlášených z Francie).
Ve srovnání s variantou omicron má více mutací, zatím však není pojmenovaná Světovou zdravotnickou organizací a nenese tedy zatím žádné označení z řecké abecedy. WHO ji považuje za vhodnou k monitorování.
Naše sekvenační řešení se těší oblibě
Většina sekvenačních laboratoří v České republice, včetně té v Hradci Králové, využívá pro sekvenování kompletní řešení od společnosti BIOXSYS, s.r.o. a BioVendor-Laboratorní medicína, a.s.
Toto řešení umožňuje detailní analýzu vzorků u SARS-CoV-2 pozitivních pacientů a přináší tak informace o přítomnosti jednotlivých mutací v populaci. Výsledky navíc ukládá do světových databází Nextclade a GiSAID, takže je možné identifikovat jednotlivé mutace globálně a sledovat jejich šíření.
NGS je klíčem k úspěchu
Sekvenovat je možné tzv. metodou NGS, která umožňuje kompletní přečtení celého genomu viru. Díky sofistikovanému softwaru je možné analyzovat, odkud pochází virus, kterým je konkrétní pacient nakažen a také odhalit případné mutace viru (tzv. linie), tedy změny v jednotlivých částech genomu.
“Pokud se neudělá důsledná kontrola kvality vzorků, mohou být následně analyzovaná data nepřesná a mohou tvořit umělé linie neexistujících mutací. Je tedy velmi důležité pohlídat celý proces, abychom byli schopni popsat skutečnou situaci šíření viru ve společnosti,” upozorňuje jeden z tvůrců cloudové aplikace COVID, Petr Brož, CEO společnosti Bioxsys, která se zabývá především vývojem softwarů pro genetické analýzy.
Analýza může odhalit nové mutace viru, jejich zastoupení a šíření v populaci.
Software pro celosvětovou analýzu dat
“Spolu s unikátně navrženou chemií jsme vytvořili software pro analýzu dat ze sekvenátorů - přístrojů, díky kterým mohou laboratoře sekvenovat, tedy číst kompletní genom viru a získat tak cenné informace o změnách viru i jeho šíření. Obohacení primárních dat o epidemiologické informace a jejich dlouhodobé ukládání je klíčem k tvorbě statistických analýz, které pomohou v boji s epidemií,” vysvětluje Brož.
Software pak, v případě důsledného vyplnění epidemiologických dat, umožňuje statistickými metodami odhalovat případný vývoj onemocnění Covid-19 u pacientů, odkud se mutace šíří a její schopnost uniknout imunitě očkovaných pacientů.
Tento online software analyzuje všechna potřebná data v kontextu dat ze sekvenování po celém světě.
Díky NGS víme o genomu viru mnohem víc
“Mutací se v populaci už od podzimu šíří hodně, virus totiž mutuje poměrně snadno. Jen některé z nich se ale ve společnosti výrazněji projeví, například svojí nakažlivostí nebo třeba tím, že nákaza touto variantou má u většiny pacientů těžší průběh,” vysvětluje Kateřina Pehlíková, která se ve společnosti BioVendor Group zabývá molekulární biologií a NGS. V současné době pomáhá spolu s týmem BioVendoru laboratořím právě se zavedením NGS metody testování. “Narozdíl od PCR testů, které rozpoznají jenom malou část genomu, v případě NGS metody jde o kompletní čtení celého genomu, takže o něm máme mnohem více informací,” vysvětluje.
Sdílení dat je klíčové
Díky online nástroji, na jehož vývoji se obě společnosti podílely, mohou epidemiologové sledovat přesné šíření jednotlivých mutací ve společnosti, jejich původ i rychlost přenosu a reakci pacientů. “K tomu je ale potřeba mít dostatečné množství dat z testování. V současné době v BioVendoru pomáháme laboratořím tuto pro mnohé novou metodu zavádět, díky nastavení kritérií pro kontrolu kvality i novému softwaru, který pracuje s daty přímo ze sekvenátoru, je zaručená dostatečná kvalita dat,” upozorňuje Pehlíková z BioVendoru.
Nástroj pak umožňuje sdílet data do světových databází, díky čemuž je možné lokální data srovnávat a analyzovat v celosvětovém kontextu. “Pokud budeme schopni identifikovat, že například všichni zemřelí mají stejnou mutaci viru, můžeme vyvinout jednoduchý PCR test, testovací soupravu, přímo na tuto variantu a tu zachytit včas. PCR testy umí odhalit přítomnost viru SARS-CoV-2, případně hledat konkrétní zadanou variantu, k tomu ale musíme znát přesné informace o jednotlivých mutacích,” vysvětluje využití analýz Pehlíková z BioVendoru.
Datum vydání: 12. 01. 2022
